豬瘟病毒廣西野毒株的分離鑒定及序列分析.pdf

1、豬瘟是造成養(yǎng)豬業(yè)嚴(yán)重經(jīng)濟(jì)損失的動(dòng)物傳染病，我國將其列為法定的一類動(dòng)物疫病。豬感染豬瘟是由豬瘟病毒引起的，自然條件下僅發(fā)現(xiàn)豬感染豬瘟病毒。豬瘟病毒是黃病毒科瘟病毒屬的成員，屬于正鏈RNA病毒，與其他瘟病毒屬成員在基因組結(jié)構(gòu)和病毒特性方面具有很高的相似性。豬感染后，引起白細(xì)胞減少、免疫抑制，同時(shí)表現(xiàn)出內(nèi)臟器官嚴(yán)重出血，急性發(fā)病通常引起豬的死亡，嚴(yán)重威脅著豬的生命健康。
　　 本實(shí)驗(yàn)通過反轉(zhuǎn)錄PCR對(duì)從廣西境內(nèi)收集臨床上疑似CSF的7

2、2份組織病料進(jìn)行初步診斷，結(jié)合核苷酸BLAST比較、病毒分離、間接免疫熒光檢測(cè)，最終獲得兩株CSFV：GXXJ分離株和GXlX09分離株。對(duì)GXlX09分離株全基因組序列以及GXXJ分離株的囊膜糖蛋白序列進(jìn)行遺傳進(jìn)化樹分析和核苷酸及推定氨基酸同源性分析，發(fā)現(xiàn)GXlX09分離株與GXXJ分離株均屬于2.1亞群。同源性比較結(jié)果顯示，GXlX09分離株與94.4IL94-TWN株核苷酸同源性最低，為82.9％，與Paderborn株同源性最高

3、，為93.4％；開放閱讀框ORF的推定氨基酸同源性比較結(jié)果顯示，GXlX09分離株與LPC株同源性最低，為91.0％，與Paderbom株同源性最高，為97.7％。E2、NS5A、NS5B基因核苷酸和糖蛋白核苷酸序列構(gòu)建的遺傳進(jìn)化樹與全基因核苷酸序列構(gòu)建的遺傳進(jìn)化樹最為接近，適于CSFV基因分群。關(guān)鍵氨基酸位點(diǎn)比較結(jié)果表明，GXXJ分離株、GXlX09分離株除了在476R突變?yōu)?76S，GXlX09分離株在L771突變?yōu)?771， N7

4、77突變?yōu)門777，GXXJ分離株在N777突變?yōu)閟777外，其他沒有發(fā)生突變。應(yīng)用RNAstructure5.03軟件對(duì)GXlX09分離株的5UTR和3UTR的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)，發(fā)現(xiàn)Shimen標(biāo)準(zhǔn)株、HCLV株、GXWZ02株、GXlX09分離株的5UTR二級(jí)結(jié)構(gòu)相似，它們形成的莖環(huán)結(jié)構(gòu)主要差異在30～150 nt和270～298 nt;而它們的3’UTR二級(jí)結(jié)構(gòu)均由4個(gè)莖環(huán)結(jié)構(gòu)組成。我們還測(cè)定了GXXJ分離株和Shimen標(biāo)