條斑紫菜功能基因組及重復(fù)序列特征研究.pdf

1、中國海洋大學(xué)博士學(xué)位論文條斑紫菜功能基因組及重復(fù)序列特征研究姓名：楊惠申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師：楊官品；茅云翔201106snRNA和snoRNA共計(jì)35，967條，保守的microRNA有3條，剩下的序列(947％)均沒有注釋。利用條斑紫菜的GSS數(shù)據(jù)進(jìn)行miRNA前體預(yù)測(cè)，共找到8條符合前體標(biāo)準(zhǔn)的新類型miRNA，靶基因預(yù)測(cè)結(jié)果表明，其中6條miRNA參與調(diào)控10個(gè)靶基因的表達(dá)，而這些靶基因絕大部分參與生

2、物代謝、物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過程。(3)通過對(duì)基因組序列和轉(zhuǎn)錄序列中的重復(fù)序列進(jìn)行篩查和比較分析發(fā)現(xiàn)：在條斑紫菜中，小衛(wèi)星重復(fù)總長占基因組不到2％，拷貝數(shù)較低，以四堿基組成類型最為豐富，且明顯富含GC?；蚪M序列中的小衛(wèi)星與轉(zhuǎn)錄序列中的小衛(wèi)星相比在拷貝數(shù)、數(shù)量及長度比例上均略低。微衛(wèi)星序列在基因組中的長度比例不到04％，拷貝數(shù)主要分布在9次以下，以三堿基重復(fù)類型最為豐富，五堿基重復(fù)類型最少，CCG是最為豐富的基序。基因組序列中的微衛(wèi)星與轉(zhuǎn)

3、錄序列中的微衛(wèi)星相比，出現(xiàn)頻率低，長度比例高。在條斑紫菜中，散布重復(fù)序列均由RNA轉(zhuǎn)座子和DNA轉(zhuǎn)座子組成，且前者比例遠(yuǎn)高于后者。RNA轉(zhuǎn)座子中LTR數(shù)目最多，LINE次之，SINE最少。在所有轉(zhuǎn)座元件中g(shù)ypsy數(shù)目最多?；蚪M序列中的轉(zhuǎn)座元件與轉(zhuǎn)錄序列中的相比，出現(xiàn)頻率高，長度比例也高?？傊?，條斑紫菜基因組序列中的重復(fù)序列總長度比例約為65％，明顯高于轉(zhuǎn)錄序列中的相應(yīng)比例，而出現(xiàn)頻率卻相對(duì)較低。(4)首次通過富集篩庫法，獲得24對(duì)條

4、斑紫菜微衛(wèi)星引物。利用其中12對(duì)引物對(duì)青島匯泉灣野生群體進(jìn)行微衛(wèi)星位點(diǎn)評(píng)估，共獲得29個(gè)等位基因，平均每個(gè)位點(diǎn)的等位基因數(shù)目為242，有效等位基因數(shù)目為181。利用24對(duì)引物分析11個(gè)不同地域來源的條斑紫菜絲狀體，聚類結(jié)果顯示這11個(gè)個(gè)體根據(jù)地域的差別被明顯地分為兩支。利用微衛(wèi)星標(biāo)記分析單個(gè)葉片的擴(kuò)增條帶，發(fā)現(xiàn)同一位點(diǎn)兩條不同帶型的序列差別在于微衛(wèi)星重復(fù)次數(shù)的不同。利用數(shù)據(jù)庫搜索法和富集文庫法，分別得到9對(duì)和14對(duì)有較好擴(kuò)增譜帶的壇紫菜