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文檔簡(jiǎn)介
1、氮是植物生長發(fā)育所必須的大量元素,同時(shí)也是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)上大量應(yīng)用的元素之一。適當(dāng)?shù)牡适┯每梢蕴岣咿r(nóng)作物的產(chǎn)量和質(zhì)量,增加經(jīng)濟(jì)效益。但與此同時(shí),氮肥的施用也會(huì)引發(fā)一系列的環(huán)境和經(jīng)濟(jì)問題,比如淋失的氮素流入水體或通過氧化進(jìn)入空氣,造成水體富營養(yǎng)化或溫室效應(yīng)等。當(dāng)下,氮污染已經(jīng)成為一種全球性的污染,威脅著整個(gè)生態(tài)系統(tǒng)的正常運(yùn)行。
谷氨酸脫氫酶(Glutamate dehydrogenase,GDH)是一種催化NH4+和α-酮戊二酸
2、合成谷氨酸或其逆反應(yīng)的酶,在生物的氮循環(huán)代謝途徑中起著重要的作用。本論文下載了NCBI和Uniprot這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫中所有的真菌蛋白序列(約200萬條),然后從中鑒定了178個(gè)菌株的295個(gè)GDH,此外還有15條序列由福建農(nóng)林大學(xué)提供。后續(xù)的分析表明,所有真菌GDH可以分為兩個(gè)亞家族:其中一個(gè)亞家族分子量大小約為120KDa,以NADH為輔酶,功能偏向于分解谷氨酸;另一個(gè)亞家族分子量大小約為50KDa,以NADPH為輔酶,主要參與谷氨酸的
3、合成。在兩類GDH中,分子量小的亞家族和大腸桿菌的NADPH依賴GDH在蛋白結(jié)構(gòu)(包括一級(jí)、二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu))和活性位點(diǎn)上均有高度的相似性,由此推測(cè)該亞家族GDH和大腸桿菌NADPH依賴GDH一樣,具有高效的同化氮素的潛能。
為驗(yàn)證生物信息學(xué)分析結(jié)果,一個(gè)源自真菌Alternaria brassicicola的GDH被選為代表做實(shí)驗(yàn)分析。體外實(shí)驗(yàn)表明,該酶對(duì)NH4+、α-酮戊二酸和谷氨酸的Km值分別為2.144mM、2.69
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