利用選擇信號(hào)分析方法篩選與綿羊尾型相關(guān)的基因.pdf

1、我國(guó)的養(yǎng)羊歷史悠久，綿羊品種資源豐富，但產(chǎn)量相對(duì)落后，綿羊的產(chǎn)量、羊肉的質(zhì)量關(guān)乎農(nóng)牧民的經(jīng)濟(jì)收入、人們對(duì)羊肉的需求。人們對(duì)心腦血管疾病的關(guān)注，綿羊的尾部脂肪逐漸失去了市場(chǎng)價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。按照綿羊的尾型，至少可以把綿羊分為四類，瘦尾、脂臀尾、短脂尾和長(zhǎng)脂尾。野生綿羊是瘦尾羊的事實(shí)，表明不同尾型的綿羊是在人們畜牧生產(chǎn)中特意選育的結(jié)果。生物技術(shù)的發(fā)展和統(tǒng)計(jì)學(xué)方法的提出，使得我們能夠檢測(cè)這種選擇在基因組上留下的信息，進(jìn)而挖掘出與綿羊尾型有關(guān)的基

2、因，為綿羊的品種選育和種質(zhì)資源的保存利用提供依據(jù)。
　　此次研究，選擇具有極端表型的兩個(gè)類群，即：肥尾、瘦尾共計(jì)122個(gè)個(gè)體進(jìn)行50K基因芯片分型。在進(jìn)行選擇信號(hào)分析之前，我們首先用NETVIEW方法構(gòu)建我國(guó)11個(gè)品種綿羊的精細(xì)圖譜，以了解我國(guó)綿羊的群體遺傳結(jié)構(gòu)。NETVIEW分析的結(jié)果表明我國(guó)的綿羊可以分為兩個(gè)大的類群，一類是藏系綿羊；另一類是蒙古-哈薩克系；烏珠穆沁羊與除羅布羊以外的蒙古系綿羊均有直接遺傳關(guān)系，與羅布羊有間接的

3、遺傳關(guān)系。羅布羊與哈薩克系綿羊有較近的遺傳關(guān)系，而哈薩克系的哈薩克羊與多浪羊存在較遠(yuǎn)的遺傳關(guān)系。迪慶羊能夠與藏系綿羊分離開(kāi)，西藏地區(qū)藏羊能夠與其它地區(qū)的藏羊分開(kāi)，青海、四川的藏羊不能分開(kāi)；NETVIEW分析群體遺傳結(jié)構(gòu)的計(jì)算時(shí)間短，與PCA、NJ樹(shù)、STRUCTURE的結(jié)果大體一致，且基本能夠反映史實(shí)，因而可以作為未來(lái)群體結(jié)構(gòu)分析的工具；烏珠穆沁羊是此次試驗(yàn)的蒙古系綿羊中，最古老的一個(gè)品種；不同地區(qū)的藏羊存在著分化趨勢(shì)，但分化并不嚴(yán)重。

4、隨后利用FST和hapFLK等方法，對(duì)肥尾綿羊和瘦尾綿羊兩類具有極端表型的類群進(jìn)行選擇信號(hào)分析，這兩類方法共篩選到了6個(gè)重疊的區(qū)域和43個(gè)重疊的基因，選擇這兩種方法篩選出來(lái)的重疊基因作為候選基因。并對(duì)重疊的6個(gè)區(qū)域進(jìn)行成對(duì)FST方法驗(yàn)證，成對(duì)FST的結(jié)構(gòu)表明，在重疊區(qū)域，肥尾與瘦尾巴之間的選擇信號(hào)出現(xiàn)了峰值，而肥尾與肥尾之間以及瘦尾和瘦尾之間沒(méi)有峰值。結(jié)果表明這6個(gè)重疊區(qū)域和有可能與綿羊的尾部脂肪的形成有關(guān)，這六個(gè)重疊區(qū)域篩選出來(lái)的重疊

5、基因如：BMP2, PPP1CC,PROKR1, ETAA1, HOXA11, PDGFD等可能參與了綿羊尾部脂肪的沉積或綿羊的尾形的形成；隨后我們對(duì)PDGFD進(jìn)行western blot驗(yàn)證，結(jié)果表明PDGFD蛋白的表達(dá)量在3月齡胎齡和剛出生綿羊的尾部脂肪中沒(méi)有明顯的差別，但是在3月齡胎齡皮下脂肪和剛出生綿羊的肝臟中表達(dá)量有明顯的差別；雖然這一結(jié)果不能支持PDGFD對(duì)綿羊尾型的形成有重要影響，但并不能否認(rèn)其可能影響綿羊尾部脂肪測(cè)沉積。