應(yīng)用基因表達(dá)譜芯片篩選胰腺癌病人外周血單個(gè)核細(xì)胞的腫瘤相關(guān)基因.pdf

1、目的：本文試圖利用Affymetrix公司的基因表達(dá)譜芯片對(duì)胰腺癌病人PBMC的表達(dá)譜和正常人PBMC表達(dá)譜進(jìn)行研究，篩選胰腺癌的腫瘤相關(guān)基因，為胰腺癌的臨床診斷和治療提供新的途徑。 方法：收集5名胰腺癌病人和5名健康志愿者的外周靜脈血并提取PBMC的總RNA，分別與含38500個(gè)基因的美國(guó)AFFYMETRIX公司HUMANGENOMEU133PLUS2.0ARRAY基因表達(dá)譜芯片雜交。雜交后進(jìn)行圖像掃描和數(shù)據(jù)分析。并使用rea

2、l-timeRT-PCR對(duì)部分篩查結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。其中OLFM4和MMP9使用的是普通TaqMan熒光探針，CCDC18使用的是TaqMan-MGB熒光探針。 結(jié)果：表達(dá)譜芯片結(jié)果顯示，在10個(gè)樣品中至少有一個(gè)“Present”的signal值的probeset有22000個(gè)。10個(gè)樣品的signal值全部為“Present”的probeset有¨160個(gè)，信號(hào)值取log10的值后，進(jìn)行Student'sttest(two-tai

3、ledmstribution;two-sampleunequalvariance)，腫瘤組PBMC表達(dá)倍數(shù)在0.5倍以下和2倍以上的，且t檢驗(yàn)p值小于0.01的probeset對(duì)應(yīng)基因有10條，其中3倍以上表達(dá)的基因只有一條基因——MMP9，沒有0.333倍以下表達(dá)的基因。在22000條基因中除去10個(gè)樣品的信號(hào)值全部為“Present”的11160條probeset，剩下的10840條probeset中，發(fā)現(xiàn)了兩條基因很可能成為新的腫

4、瘤MARKER——OLFM4(NM_006418)和CCDC18(NM_206886)。 RealtimeRT-PCR結(jié)果顯示，OLFM4與MMP9在胰腺癌PBMC中呈上調(diào)表達(dá)趨勢(shì)，而CCDC18在胰腺癌PBMC中呈下調(diào)表達(dá)趨勢(shì)，這與芯片的結(jié)果一致。其中OLFM4在胰腺癌病人PBMC中明顯高于正常對(duì)照組(P＜0.05)。 結(jié)論：通過基因表達(dá)譜芯片篩選胰腺癌腫瘤相關(guān)基因是可行的，并篩選到一組與胰腺癌相關(guān)的基因。其中，MMP