基于RAD測序技術(shù)的6個中國家兔地方品種的遺傳地位研究.pdf

1、RAD測序技術(shù)是近年來進(jìn)行SNP開發(fā)和利用最為有效的高通量測序技術(shù)之一，然而迄今為止，在中國家兔地方群體遺傳資源方面，尚未見報道。因此，將這種SNP標(biāo)記開發(fā)技術(shù)引入到家兔遺傳育種行業(yè)，實現(xiàn)大數(shù)據(jù)測序，為家兔群體遺傳研究和培育提供新的技術(shù)支持。
　　試驗以6個地方家兔品種（九嶷山兔、萬載兔、四川白兔、云南花兔、福建黃兔、閩西南黑兔）和2個引進(jìn)家兔品種（新西蘭兔、比利時兔）為研究對象，共73個樣品，利用RAD測序技術(shù)對常染色體和Y染色

2、體進(jìn)行高通量測序，基于檢測到的SNPs信息進(jìn)行各品種之間的遺傳關(guān)系研究以及選擇壓力分析。
　　經(jīng)高通量測序平臺Illumina HiSeq3000測序共檢測到7717345個SNP位點，各群體SNP數(shù)量從4147507個到4626057個變化不等。
　　常染色體進(jìn)化樹結(jié)果表明，各家兔品種獨自聚為一類，分群明顯。中國家兔地方品種中，萬載兔與閩西南黑兔遺傳關(guān)系最近，然后依次與四川白兔、福建黃兔、九嶷山兔聚類，親緣關(guān)系依次變遠(yuǎn)。中

3、國家兔地方品種與外來引進(jìn)家兔品種（新西蘭兔、比利時兔）遺傳關(guān)系較遠(yuǎn)，屬于不同的類群，推斷中國家兔并非起源于歐洲，中國可能是家兔起源和馴化最早的地區(qū)之一。中國家兔地方品種中的福建黃兔、九嶷山兔、閩西南黑兔、云南花兔血液復(fù)雜，曾引進(jìn)過多種家兔血液，萬載兔、四川白兔血液單一。
　　Y染色體結(jié)果表明，萬載兔和閩西南黑兔親緣關(guān)系最近，然后與四川白兔聚為一類，此結(jié)果與常染色體分析結(jié)果一致，與外群家兔遺傳關(guān)系較遠(yuǎn)，再次證明中國家兔并非起源于歐洲

4、，中國可能是家兔起源和馴化最早的地區(qū)之一。福建黃兔、云南花兔、九嶷山兔親緣關(guān)系與常染色體存在差異，有待進(jìn)一步研究確定。比利時兔、新西蘭兔、萬載兔、四川白兔、閩西南黑兔血液組成雖然比較復(fù)雜，但存在一種主血液，福建黃兔、云南花兔、九嶷山兔血液最復(fù)雜且沒有主血液，推斷可能曾進(jìn)行過廣泛且頻繁的基因交流，與常染色體分析結(jié)果一致。家兔Y染色體的群體遺傳分析與常染色體結(jié)果基本吻合，為家兔群體遺傳關(guān)系的推斷提供了良好的輔助作用。
　　以新西蘭兔作

5、為外群，將6個地方品種與其進(jìn)行受選擇壓力分析，福建黃兔篩選到26個基因，九嶷山兔篩選到17個基因，閩西南黑兔篩選到31個基因，四川白兔篩選到31個基因，萬載兔篩選到45個基因，云南花兔篩選到0個基因。各基因參與機(jī)體代謝及功能調(diào)控過程，影響各個家兔品種的性狀及生產(chǎn)性能。找到長期育種工作保留下來的地方品種優(yōu)良基因，對后期的育種工作提供很好的參考。在以后的育種過程中，仍要對育種群體保持一定的選擇壓力，繼續(xù)改善育種群體的優(yōu)良性狀，更加注重科學(xué)地