林木EST數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)的構(gòu)建與應(yīng)用.pdf

1、論文以生物信息學(xué)理論為基礎(chǔ)，利用Phred/Phrap/Consed、cross_match、RepeatMasker、Blast 等軟件和自主開發(fā)程序，基于Linnux 操作系統(tǒng)，構(gòu)建了林木EST數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)，完成了從測序峰圖向核酸序列的轉(zhuǎn)化、載體序列的去除、重復(fù)序列鑒定、EST 序列分類和組裝、EST 序列功能注釋與功能分類以及SSR、SNP的發(fā)掘。并通過使用Perl 語言結(jié)合bioperl模塊寫的腳本程序使分析過程自動(dòng)化。

2、 在此基礎(chǔ)上，對杉木莖段皮層cDNA文庫隨機(jī)測序產(chǎn)生的1440條EST序列進(jìn)行分析。序列經(jīng)聚類拼接后，獲得526個(gè)Unigene,其中161個(gè)Contig，365個(gè)Singletons。152個(gè)己知功能基因按照擬南芥研究中的分類方法，根據(jù)其同源物生物學(xué)作用或生化功能劃分為10類。經(jīng)過Digital Northern分析，發(fā)現(xiàn)了8個(gè)豐富表達(dá)的基因，主要可以分為兩類，一類是與受外界脅迫表達(dá)的抗逆性相關(guān)基因；另一類是與光合作用相關(guān)的基因。

3、 利用autossr程序?qū)?26個(gè)Unigene進(jìn)行SSR搜索，共在40個(gè)Unigene(占全部Unigene的7.60％)中發(fā)現(xiàn)了44個(gè)候選SSR標(biāo)記。SSR的重復(fù)單元主要是二核苷酸占總數(shù)的35％和三核苷酸占總數(shù)的62.5％，重復(fù)次數(shù)為4-9次不等。 使用本地BLASTx 程序?qū)⑻幚砗蟮腅ST序列在蛋白質(zhì)水平上與Cell Wall Navigatordatabase 和 lignin database 這兩個(gè)本地?cái)?shù)據(jù)庫進(jìn)行

4、本地化的同源性比較，發(fā)現(xiàn)了1個(gè)與木質(zhì)素合成有關(guān)的基因和5個(gè)與細(xì)胞壁組成有關(guān)的基因，從而為這些基因的克隆和下一步的表達(dá)和功能分析提供了序列依據(jù)。 利用生物信息學(xué)方法分析了杉木CCoAOMT蛋白的氨基酸組成、等電點(diǎn)、疏水/親水區(qū)、二級結(jié)構(gòu)等蛋白質(zhì)性質(zhì)，并同歐洲云杉、擬南芥和水稻的蛋白進(jìn)行了對比，并用生物信息學(xué)軟件對其空間結(jié)構(gòu)進(jìn)行了模擬，同時(shí)對模建結(jié)果進(jìn)行了結(jié)構(gòu)質(zhì)量的分析與檢測。結(jié)果表明：該蛋白共有255個(gè)氨基酸，等電點(diǎn)為5.56，二