模體發(fā)現(xiàn)問題中投影算法的研究.pdf

1、在DNA序列中,模體(Motif)就是指DNA序列中保守的序列片段,而從DNA序列中發(fā)現(xiàn)這些模體的過程就是模體發(fā)現(xiàn)(Motif Discovery),模體對(duì)DNA的轉(zhuǎn)錄翻譯起著重要作用,因此模體的關(guān)聯(lián)分析對(duì)研究基因表達(dá)有著重大意義和理論價(jià)值。
　　 本文首先對(duì)模體發(fā)現(xiàn)問題的基本建模方法進(jìn)行了分析,并且對(duì)基于不同模體模型的模體發(fā)現(xiàn)算法進(jìn)行了研究和分析,著重討論了基于投影技術(shù)的隨機(jī)投影算法與均勻投影算法,相比較于隨機(jī)投影,均勻投影算

2、法采用了一種貪婪的啟發(fā)式的方法來近似的覆蓋所有的投影,從而比隨機(jī)投影在算法的效率和精度上有更好的表現(xiàn)。此外,本文在對(duì)判據(jù)搜索算法深入研究的基礎(chǔ)之上,提出了一種基于判據(jù)篩選的均勻投影算法。該算法通過對(duì)均勻投影得到的有效桶進(jìn)行判據(jù)篩選,濾除掉大部分的干擾桶,減少了用于建模與優(yōu)化的有效桶的數(shù)目,從而提高了算法的性能。通過對(duì)算法進(jìn)行的理論分析和仿真試驗(yàn)研究表明,它能夠很好的發(fā)現(xiàn)生物序列中所蘊(yùn)涵的模體。該算法也可以應(yīng)用于所有投影算法應(yīng)用過的其它領(lǐng)