應(yīng)用高通量測序探討出生缺陷兒的染色體結(jié)構(gòu)異常.pdf

1、目的：
　　應(yīng)用高通量測序?qū)Τ錾毕莼純哼M(jìn)行全基因組拷貝數(shù)檢測，并對其進(jìn)行父母起源分析，通過生物信息分析，與人類參考基因組數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對，檢測可能存在的染色體畸變（Chromosome aberration），包括染色體非整倍體以及微缺失微重復(fù)，從而分析查找兒童出生缺陷的原因，為臨床診斷提供有效依據(jù)，同時為再次妊娠的優(yōu)生優(yōu)育提供遺傳咨詢、再發(fā)風(fēng)險評估及產(chǎn)前診斷提供理論基礎(chǔ)。
　　方法：
　　本試驗(yàn)通過采集出生缺陷患者以

2、及父母雙方的外周血，制備染色體，同時利用試劑盒提取DNA，進(jìn)行文庫制備，定量后進(jìn)行簇的生成，在HiSeq2000測序儀上完成高通量單端測序。經(jīng)過數(shù)據(jù)分析將測序結(jié)果序列與人類標(biāo)準(zhǔn)基因組進(jìn)行比對，獲得每條測序序列在人類基因組上的位置信息，并進(jìn)行質(zhì)控篩選去除低質(zhì)量的測序數(shù)據(jù),提取高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)后，與DGV、OMIM數(shù)據(jù)庫以及PUBMED文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫比對，并對染色體畸變的患兒進(jìn)行父母起源分析。
　　結(jié)果：
　　共收集30例出生缺陷患

3、兒進(jìn)行核型分析和高通量測序技術(shù)檢測發(fā)現(xiàn)染色體畸變?yōu)?6個，其中2個染色體數(shù)目異常(12.5％,2/16)，分別為47，(XY),+21和47，(XY),+Y，14個染色體結(jié)構(gòu)異常片段（87.5%，14/16），其中缺失型6個(42.9|%，6/14)，重復(fù)型8個（57.1%，8/14），片段的大小60kb—1.4Mb之間。在陽性患者13例中，父母來源分析得出，76.9%為新發(fā)性（10/13)，15.4%父源性(2/13)，僅有1例為母源

4、性，占7.7%已知的微缺失/微重復(fù)綜合征及疾病區(qū)域4例，染色體非整倍體2例，其余為致病性未知。
　　結(jié)論：
　　染色體畸變?nèi)旧w畸變是出生缺陷患兒的主要致病原因之一。本課題中利用染色體核型分析聯(lián)合高通量測序技術(shù)為43.3%（13/30）的患兒明確了病因，同時為這13組家庭進(jìn)行了遺傳咨詢及二次懷孕風(fēng)險評估和產(chǎn)前診斷提供了有力的理論基礎(chǔ)。充實(shí)了致病性CNVs數(shù)據(jù)庫，為新的綜合征的發(fā)現(xiàn)提供了線索。作為高通量測序技術(shù)更敏感、高效、染