基于路徑相似性的蛋白質(zhì)復(fù)合物檢測(cè)方法.pdf

1、蛋白質(zhì)復(fù)合物的檢測(cè)對(duì)于研究細(xì)胞組成和細(xì)胞功能具有重要的意義。高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)的出現(xiàn)產(chǎn)生的許多大規(guī)模的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，這為我們研究蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)檢測(cè)蛋白質(zhì)復(fù)合物帶來(lái)了一個(gè)契機(jī)。然而，由于當(dāng)前實(shí)驗(yàn)方法的缺陷和生物體的復(fù)雜性，蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中存在著大量的假陽(yáng)性和假陰性，這為準(zhǔn)確地檢測(cè)蛋白質(zhì)復(fù)合物帶來(lái)了一些困難。近幾年，出現(xiàn)了很多檢測(cè)蛋白質(zhì)復(fù)合物的方法，蛋白質(zhì)復(fù)合物通常都被檢測(cè)為蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中一個(gè)稠密的子圖。

2、>　　本文提出了一個(gè)基于兩級(jí)路徑相似性的蛋白質(zhì)復(fù)合物檢測(cè)算法TLP（Two Level Paths）。兩級(jí)路徑相似性即為，兩簇蛋白質(zhì)之間存在直接相連路徑的概率和僅通過(guò)一個(gè)公共鄰居節(jié)點(diǎn)相連路徑的概率。用兩級(jí)路徑概率作為蛋白質(zhì)對(duì)之間的初始相似性，再利用層次聚類算法貪婪合并具有當(dāng)前最大相似性的兩組蛋白質(zhì)且合并后的蛋白質(zhì)子圖密度滿足給定的閾值，合并蛋白質(zhì)簇之后重新計(jì)算其與周圍相鄰接的蛋白質(zhì)簇的兩級(jí)路徑相似性。直到圖中當(dāng)前沒(méi)有符合合并條件的蛋白質(zhì)