計(jì)算機(jī)輔助對(duì)蛋白結(jié)合位點(diǎn)的探測(cè)、構(gòu)建及其與抑制劑的結(jié)合模式的研究.pdf_第1頁(yè)
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1、本文結(jié)合使用同源建模，虛擬突變，分子對(duì)接，分子動(dòng)力學(xué)，2D-QSAR技術(shù)，合理的解釋了3-取代苯基-X-取代基-3H-吡唑并[3，4-d][1，2，3]三嗪-4(YH)-酮類抑制劑對(duì)玉米原卟啉原氧化酶抑制活性變化的原因，給出此類抑制劑與PPO酶的結(jié)合模式，為進(jìn)一步改進(jìn)抑制劑活性提供了條件。
　　 通過(guò)限制動(dòng)力學(xué)合理的用組蛋白脫乙酰酶HDAC8(pdbid：1T64)和組蛋白脫乙酰酶相似蛋白HDLP(pdbid：1C3R)對(duì)組蛋白

2、脫乙酰酶1(HDAC1)進(jìn)行了同源建模，并使用HDAC2蛋白的晶體結(jié)構(gòu)考察了新先導(dǎo)化合物的作用模式。對(duì)先導(dǎo)化合物的進(jìn)一步優(yōu)化提供了條件。
　　 測(cè)試了多種因素：三種分子力場(chǎng)，Charmm，Amber，OPLS-2005，和范德華力，氫鍵作用力，去溶劑化效應(yīng)，不同蛋白.蛋白界面介電常數(shù)下的電相互作用力以及蒙特卡羅統(tǒng)計(jì)動(dòng)力學(xué)的方法生成的多重蛋白-蛋白復(fù)合物構(gòu)象組對(duì)使用虛擬丙氨酸突變法來(lái)預(yù)測(cè)16個(gè)蛋白-蛋白復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)中的熱點(diǎn)殘基的

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