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文檔簡介
1、在生物領域，對DNA與蛋白質(zhì)相互作用的研究是對基因表達與調(diào)控進行了解的重要手段。隨著ChIP-seq技術(shù)在這些領域的應用日益廣泛，如何對大量Chip-seq數(shù)據(jù)進行處理分析并獲取生物醫(yī)學信息成為非常有意義的研究課題。目前，絕大多數(shù)ChIP-seq數(shù)據(jù)分析方法都忽略了其作為全基因組上一維信號的特性而只關注其局部統(tǒng)計性質(zhì)，缺少一個基于信號處理方法的ChIP-seq數(shù)據(jù)分析研究的理論方法。
本文將ChIP-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成一維信
2、號，提出一個系統(tǒng)的信號處理框架并設計出相關信號處理算法，包括ChIP-seq數(shù)據(jù)的讀取和直方圖化算法，針對ChIP-seq數(shù)據(jù)一維信號的NL-means去噪算法，富集區(qū)域的查找算法和基因組序列的比對算法。通過對ChIP-seq數(shù)據(jù)的一系列處理分析，獲取具有一定長度的富集區(qū)域，將其與參考基因組序列進行比對，得到重疊與非重疊區(qū)域。這一系統(tǒng)理論框架的提出，是對現(xiàn)有ChIP-seq數(shù)據(jù)處理分析方法的有效補充和信號處理領域新的應用。實驗結(jié)果表明，
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