基于群體智能的分子對接算法研究與實現(xiàn).pdf

1、分子對接作為一種藥物設計工具，在藥物發(fā)現(xiàn)領域發(fā)揮著越來越重要的作用。它能夠充分利用計算機優(yōu)化算法，實現(xiàn)計算機輔助藥物虛擬篩選。分子對接的目標是搜索龐大的對接構象，從而找到自由能最低的構象（也就是最穩(wěn)定的構象）。分子對接問題包含兩個方面:一是打分函數(shù)，用來表示分子模型，有效地指引搜索;另一個是搜索算法，對對接產(chǎn)生的龐大構象進行搜索;這樣分子對接問題就轉(zhuǎn)化成數(shù)學上的優(yōu)化問題。
　　本文的主要從搜索算法入手，全面分析群體智能算法，將經(jīng)典

2、的群體智能算法變種引入到分子對接平臺(AutoDock)中，構建了用群體智能算法處理分子對接問題的方法體系。之后，本文分別以PSO、ABC和AFSA的變種為搜索算法，實現(xiàn)了分子對接程序FIPSDock、ABCDock和AFSADock，并將它們與4個經(jīng)典的分子對接算法進行了比較，即GOLD，DOCK，F(xiàn)lexX和用LGA實現(xiàn)的AutoDock。本文的對接實驗包括同源對接和交叉對接兩部分，在多個方面對經(jīng)典的分子對接軟件和本文實現(xiàn)的FIPS