多倍體單體型重建算法的研究.pdf

1、單體型不但應(yīng)用于生物體表型特征的研究，更是廣泛應(yīng)用于生物群體或個(gè)體在疾病易感性和對(duì)環(huán)境因子的反應(yīng)差異的研究，有著重大的實(shí)用價(jià)值和現(xiàn)實(shí)意義。由于直接通過(guò)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)直接測(cè)定個(gè)體單體型所用的代價(jià)和成本十分巨大，目前主要是在測(cè)序獲得的個(gè)體DNA片段數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上利用計(jì)算機(jī)算法重建整個(gè)個(gè)體的單體型，這就是個(gè)體單體型重建問(wèn)題。這個(gè)問(wèn)題一直以二倍體生物為研究重心，隨著研究進(jìn)一步發(fā)展，對(duì)多倍體生物的研究慢慢變?yōu)樾碌臒狳c(diǎn)。多倍體單體型重建問(wèn)題，其數(shù)據(jù)相對(duì)于

2、二倍體更復(fù)雜，需要有針對(duì)性的新方法來(lái)解決這個(gè)問(wèn)題。
　　本文首先介紹了多倍體單體型重建問(wèn)題的相關(guān)背景以及研究意義，并對(duì)目前研究現(xiàn)狀和研究進(jìn)展進(jìn)行介紹。然后，本文針對(duì)多倍體單體型重建問(wèn)題的遺傳算法進(jìn)行研究。本文利用二進(jìn)制數(shù)的特征，采用新的編碼把遺傳算法的適用范圍擴(kuò)充到有k條染色體的多倍體單體型重建問(wèn)題。本文對(duì)已有多倍體單體型重建遺傳算法進(jìn)行研究時(shí)，發(fā)現(xiàn)了其中所存在的一些局限和特點(diǎn):編碼重復(fù)、由染色體分類(lèi)片段時(shí)出現(xiàn)片段聚集、由片段生成