中藥化學成分靶蛋白富集生物通路網(wǎng)絡交互式可視化處理.pdf

1、隨著計算機技術和生物醫(yī)學技術的不斷發(fā)展，積累了大量的生物醫(yī)學數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)數(shù)量巨大、類型繁多，價值密度低，但是其中蘊含的價值不可忽視。從生物數(shù)據(jù)的這些特性可以看出，文字很難描述它們之間的復雜關系，所以，數(shù)據(jù)可視化對生物數(shù)據(jù)的分析至關重要。通過對數(shù)據(jù)可視化的研究，不僅可以對生物數(shù)據(jù)進行直觀和交互性的展示，而且還能夠揭示出數(shù)據(jù)之間復雜的關聯(lián)關系，這將有利于科研人員對復雜數(shù)據(jù)進行多角度觀察并獲取有效信息。從最簡單的Excel電子圖表、Matl

2、ab到R等統(tǒng)計編程架構(gòu)，到Cytosacpe等可視化的開源軟件，再到 Cytoscape.js和 D3.js等網(wǎng)頁可視化的程序包，這些通用數(shù)據(jù)可視化工具都可以為生物醫(yī)學數(shù)據(jù)分析和信息挖掘提供良好的技術支持。
　　本文的主要內(nèi)容是應用JavaScript開發(fā)的開源的D3.js程序包對中藥化學成分靶蛋白富集的生物通路網(wǎng)絡進行動態(tài)交互的網(wǎng)頁可視化處理。中藥化學成分靶蛋白富集的生物通路網(wǎng)絡的交互式可視化處理，就是通過整合化學、藥學、疾病、

3、生化反應、基因/蛋白質(zhì)、生物通路等數(shù)據(jù)庫，實現(xiàn)中藥?化學成分?靶蛋白?富集的生物學通路的一站式分析，并通過瀏覽器給出可視化的生物通路網(wǎng)絡?？偣舶ㄈ齻€部分：
　?。?）數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建：化學、藥學、疾病、生化反應、基因/蛋白質(zhì)、生物通路等數(shù)據(jù)庫的下載、理解、數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換。
　　（2）算法的設計和實現(xiàn)：主要通過超幾何分布算法的設計和代碼實現(xiàn)，完成中藥化學成分靶蛋白富集的生物通路的分析。
　?。?）生物通路網(wǎng)絡網(wǎng)頁的可視化實現(xiàn)