利用InDel和SSR整合大白菜分子遺傳圖譜.pdf

1、我國是白菜類作物的主要起源地。大白菜不僅是一種重要的經(jīng)濟作物，也是研究多倍體化和構(gòu)建分子遺傳連鎖圖譜的模式植物。多國的大白菜基因組測序計劃(BrGSP)在2003年啟動。近年來，關(guān)于白菜基因組測序工作陸續(xù)完成，但是基因的覆蓋程度并不完全，染色體中只標(biāo)記了大約73.6％的錨定標(biāo)記。因此，建立一個新的分子遺傳圖譜有著重要的研究意義。遺傳圖譜的構(gòu)建為重要農(nóng)藝性狀的基因定位(QTL)、標(biāo)記輔助育種(MAS)、功能基因克隆和比較基因組學(xué)奠定基礎(chǔ)。

2、
　　 本研究是利用基于序列的InDel標(biāo)記和SSR標(biāo)記對大白菜遺傳圖譜進行合理優(yōu)化與整合，提高圖譜的“飽和度”，明確特定的標(biāo)記在連鎖群的位置分布。
　　 本研究是以在種皮顏色、葉面茸毛、花色、抽薹性、抗病性等方面存在明顯差異的Y177-12和Y195-93為雙親，在其雜交后得到的F1代進行小孢子培養(yǎng)所得183個DH株系為試材。
　　 為了實驗的順利進行，利用DH雙親Y177-12和Y195-93對PCR反應(yīng)體系

3、進行單因素試驗，對模板DNA用量、退火溫度、dNTPs濃度等7個因素進行優(yōu)化。結(jié)果表明，從穩(wěn)定性和經(jīng)濟性出發(fā)，最終確定了大白菜PCR擴增的最佳反應(yīng)體系(20μL):模板DNA用量105ng、TaqDNA聚合酶0.4U、Mg2+濃度為1.5mmol/L、dNTPs濃度0.1mmol/L、引物濃度0.4μmol/L、三溫循環(huán)時間30s-30s-45s、退火溫度50℃。該體系適用于遺傳多樣性分析及遺傳圖譜的構(gòu)建。
　　 利用401對I

4、nDel引物和56對SSR引物對DH群體的雙親Y177-12和Y195-93進行多態(tài)性篩選，獲得有多態(tài)性的InDel引物44對、SSR引物11對。運用JoinMap4.0軟件，將篩選出的有多態(tài)的55對標(biāo)記整合于本實驗室原有的基于SRAP、SSR和AFLP等多種標(biāo)記構(gòu)建的大白菜分子遺傳圖譜，重新構(gòu)建分子遺傳圖譜。
　　 構(gòu)建出的遺傳圖譜總共有512個分子標(biāo)記，其中包括139個SRAP標(biāo)記、84個SSR標(biāo)記、44個InDel標(biāo)記、2

5、30個AFLP標(biāo)記、6個STS標(biāo)記、4個ESTP標(biāo)記、3個形態(tài)標(biāo)記、1個SCAR標(biāo)記和1個CAPS標(biāo)記。該圖譜含有10個連鎖群，被命名為A01-A10，總長度為1336cM，標(biāo)記間平均圖距是2.60cM，每個連鎖群的標(biāo)記數(shù)在27～76個之間，長度在106～176cM之間，平均圖距在2.08～4.41cM之間，偏分離標(biāo)記比率為71.3％。新增標(biāo)記在各連鎖群上的分布位置與參考圖中相應(yīng)標(biāo)記的位置基本一致，表明該圖譜的可靠性高。