利用InDel和SSR整合大白菜分子遺傳圖譜.pdf

1、我國(guó)是白菜類(lèi)作物的主要起源地。大白菜不僅是一種重要的經(jīng)濟(jì)作物，也是研究多倍體化和構(gòu)建分子遺傳連鎖圖譜的模式植物。多國(guó)的大白菜基因組測(cè)序計(jì)劃(BrGSP)在2003年啟動(dòng)。近年來(lái)，關(guān)于白菜基因組測(cè)序工作陸續(xù)完成，但是基因的覆蓋程度并不完全，染色體中只標(biāo)記了大約73.6％的錨定標(biāo)記。因此，建立一個(gè)新的分子遺傳圖譜有著重要的研究意義。遺傳圖譜的構(gòu)建為重要農(nóng)藝性狀的基因定位(QTL)、標(biāo)記輔助育種(MAS)、功能基因克隆和比較基因組學(xué)奠定基礎(chǔ)。

2、
　　 本研究是利用基于序列的InDel標(biāo)記和SSR標(biāo)記對(duì)大白菜遺傳圖譜進(jìn)行合理優(yōu)化與整合，提高圖譜的“飽和度”，明確特定的標(biāo)記在連鎖群的位置分布。
　　 本研究是以在種皮顏色、葉面茸毛、花色、抽薹性、抗病性等方面存在明顯差異的Y177-12和Y195-93為雙親，在其雜交后得到的F1代進(jìn)行小孢子培養(yǎng)所得183個(gè)DH株系為試材。
　　 為了實(shí)驗(yàn)的順利進(jìn)行，利用DH雙親Y177-12和Y195-93對(duì)PCR反應(yīng)體系

3、進(jìn)行單因素試驗(yàn)，對(duì)模板DNA用量、退火溫度、dNTPs濃度等7個(gè)因素進(jìn)行優(yōu)化。結(jié)果表明，從穩(wěn)定性和經(jīng)濟(jì)性出發(fā)，最終確定了大白菜PCR擴(kuò)增的最佳反應(yīng)體系(20μL):模板DNA用量105ng、TaqDNA聚合酶0.4U、Mg2+濃度為1.5mmol/L、dNTPs濃度0.1mmol/L、引物濃度0.4μmol/L、三溫循環(huán)時(shí)間30s-30s-45s、退火溫度50℃。該體系適用于遺傳多樣性分析及遺傳圖譜的構(gòu)建。
　　 利用401對(duì)I

4、nDel引物和56對(duì)SSR引物對(duì)DH群體的雙親Y177-12和Y195-93進(jìn)行多態(tài)性篩選，獲得有多態(tài)性的InDel引物44對(duì)、SSR引物11對(duì)。運(yùn)用JoinMap4.0軟件，將篩選出的有多態(tài)的55對(duì)標(biāo)記整合于本實(shí)驗(yàn)室原有的基于SRAP、SSR和AFLP等多種標(biāo)記構(gòu)建的大白菜分子遺傳圖譜，重新構(gòu)建分子遺傳圖譜。
　　 構(gòu)建出的遺傳圖譜總共有512個(gè)分子標(biāo)記，其中包括139個(gè)SRAP標(biāo)記、84個(gè)SSR標(biāo)記、44個(gè)InDel標(biāo)記、2

5、30個(gè)AFLP標(biāo)記、6個(gè)STS標(biāo)記、4個(gè)ESTP標(biāo)記、3個(gè)形態(tài)標(biāo)記、1個(gè)SCAR標(biāo)記和1個(gè)CAPS標(biāo)記。該圖譜含有10個(gè)連鎖群，被命名為A01-A10，總長(zhǎng)度為1336cM，標(biāo)記間平均圖距是2.60cM，每個(gè)連鎖群的標(biāo)記數(shù)在27～76個(gè)之間，長(zhǎng)度在106～176cM之間，平均圖距在2.08～4.41cM之間，偏分離標(biāo)記比率為71.3％。新增標(biāo)記在各連鎖群上的分布位置與參考圖中相應(yīng)標(biāo)記的位置基本一致，表明該圖譜的可靠性高。