江蘇口岸鼠類監(jiān)測與重點鼠類mtDNA-Cytb基因數(shù)據(jù)庫的建立.pdf

1、目的:監(jiān)測江蘇口岸本底鼠類的種類及其病原體攜帶情況，建立一套重要鼠類的mtDNA-Cytb基因數(shù)據(jù)庫。
　　方法:2014年5月~2015年4月，在江蘇17個口岸采用夾夜法捕獲本底鼠樣；首先通過形態(tài)特征鑒定捕獲的鼠樣，在生物安全柜中解剖鼠樣取其肝臟與肺臟，分別提取鼠類肝臟的DNA模板與肺臟的RNA模板；通過PCR擴增和測序，測定鼠類的Cytb基因序列，通過BLAST與NCBI的基因數(shù)據(jù)庫比對，以同源性最高為分子鑒定結(jié)果。通過熒光P

2、CR篩查捕獲鼠樣中的鼠疫桿菌和漢坦病毒感染情況，對陽性結(jié)果再進行測序驗證與分型。最后將江蘇各口岸代表性鼠樣的Cytb基因序列信息與各口岸的地理分布信息結(jié)合，構(gòu)建江蘇口岸本底鼠類的基因特征數(shù)據(jù)庫，建立Cytb基因的系統(tǒng)發(fā)育樹。
　　結(jié)果:共采集鼠樣418份，其中褐家鼠231只、黃胸鼠38只、小家鼠99只、黑線姬鼠44只和大麝鼩6只，其形態(tài)鑒定結(jié)果與分子鑒定結(jié)果完全一致。全部鼠樣中鼠疫桿菌的熒光PCR檢測均為陰性，而漢坦病毒的熒光PC

3、R檢測有18例陽性，陽性率4.31％，其中15例為漢城型（SEO），其宿主均為來源于連云港口岸的褐家鼠；其余3例為漢灘型（HTN），其宿主均為來源于南京龍?zhí)陡鄣暮诰€姬鼠。通過對各口岸的重要鼠種進行測序，構(gòu)建成涵蓋17個口岸的本底鼠類Cytb基因特征數(shù)據(jù)庫，其中南通、揚州、南京、張家港、無錫、連云港、淮安有黑線姬鼠的地理代表種；南京、張家港、鎮(zhèn)江、江陰、常州、泰州、常熟、宿遷有小家鼠的地理代表種；無錫、連云港、宿遷、太倉有褐家鼠的地理代表

4、種；揚州、南京、張家港、泰州、太倉、吳江、昆山、蘇州有黃胸鼠的地理代表種。通過基因特征數(shù)據(jù)建立的系統(tǒng)發(fā)育樹能清楚的分辨各種鼠類，5種鼠種分別與參考鼠種的基因聚在一起，形成獨立的5個類群。
　　結(jié)論:江蘇口岸仍以黃胸鼠、褐家屬、小家屬和黑線姬鼠4中種鼠類為常見種，偶見大麝鼩，未見其他鼠類?；谑箢怌ytb基因序列信息的的分子鑒定方法準(zhǔn)確率高，與本次常見鼠種的形態(tài)鑒定結(jié)達(dá)到100%的一致，可滿足口岸鼠類鑒定工作的實際需求。在江蘇口岸本