甜葉菊高密度遺傳圖譜構(gòu)建及其分子標(biāo)記篩選.pdf

1、甜葉菊是原產(chǎn)于南美的多年生草本植物，以其高甜度、低熱能的特點(diǎn)逐漸走進(jìn)人們的視野。我國(guó)是世界上最大的甜葉菊生產(chǎn)國(guó)和出口國(guó)，有關(guān)甜菊重要農(nóng)藝性狀遺傳分析以及改良跟不上生產(chǎn)的需求。RAD-seq技術(shù)可以擺脫參考基因組的限制，并能快速鑒定出高密度的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記(SNPs)，非常適合大群體的研究。
　　本研究以甜葉菊大葉親本和小葉親本雜交產(chǎn)生F1分離群體為作圖群體，利用高通量RAD-seq技術(shù)大規(guī)模地分離甜葉菊SNP分子標(biāo)記;我們采用

2、GATK等軟件進(jìn)行群體SNP的檢測(cè)，共開(kāi)發(fā)出親本多態(tài)性位點(diǎn)378，285個(gè)，并完成子代的基因分型;經(jīng)過(guò)異常堿基檢查、完整度過(guò)濾、偏分離標(biāo)記過(guò)濾3個(gè)步驟，對(duì)檢測(cè)的SNP標(biāo)記篩選;對(duì)篩選后得到的高質(zhì)量遺傳標(biāo)記，使用Joinmap4.0進(jìn)行連鎖群劃分，采用最大似然法進(jìn)行標(biāo)記排序，排序后使用smooth算法對(duì)標(biāo)記進(jìn)行校正及推斷，然后去除校正后出現(xiàn)的相似度為1的標(biāo)記位點(diǎn)，使用Joinmap4.0回歸算法對(duì)標(biāo)記進(jìn)行排序，采用Kosambi函數(shù)計(jì)算遺

3、傳距離，構(gòu)建甜葉菊高密度遺傳圖譜。
　　結(jié)果表明，父本圖總標(biāo)記數(shù)為2，521，遺傳距離1，632cM，平均距離0.65cM，最大遺傳間距9.34cM;母本圖總標(biāo)記數(shù)為3，363，遺傳距離1，367cM，平均距離0.41cM，最大遺傳間距6.06cM;整合圖譜連鎖群標(biāo)記5，839個(gè)，總遺傳距離為1，921cM，平均距離為0.33cM，最大遺傳間距為9.35cM。最后再繪制相鄰標(biāo)記間連鎖關(guān)系的熱圖，評(píng)價(jià)標(biāo)記間連鎖關(guān)系。
　　構(gòu)建