蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位的序列分析和理論預(yù)測算法研究.pdf

1、全文共分三章:第一章為數(shù)據(jù)庫分析.對SWISS-PROT(2002)數(shù)據(jù)庫中經(jīng)過篩選得到的12類亞細(xì)胞序列的氨基酸單個(gè)出現(xiàn)的概率、緊鄰出現(xiàn)的概率進(jìn)行統(tǒng)計(jì)和比較,結(jié)果表明,除個(gè)別類之間氨基酸單個(gè)出現(xiàn)的概率、緊鄰出現(xiàn)的概率比較接近外,大多數(shù)類之間氨基酸單個(gè)出現(xiàn)的概率、緊鄰出現(xiàn)的概率是有明顯區(qū)別的.第二章為理論方法.針對統(tǒng)計(jì)結(jié)果的特點(diǎn)和離散量反映系統(tǒng)整體信息的性質(zhì),將離散量、離散增量和離散有限系數(shù)等概念應(yīng)用于預(yù)測蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位,對數(shù)據(jù)作標(biāo)

2、準(zhǔn)化變換后用離散量理論方法預(yù)測蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位,最后給出預(yù)測結(jié)果優(yōu)劣的評價(jià)公式.第三章為蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位的預(yù)測.主要包括兩部分內(nèi)容.首先是利用離散有限系數(shù)對4類亞細(xì)胞定位的預(yù)測.以20種氨基酸出現(xiàn)的個(gè)數(shù)為參數(shù)構(gòu)成離散源,對參數(shù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化變換后,分別利用Self_consistency和Jackknife方法對4類主要亞細(xì)胞即細(xì)胞外(Extracell),細(xì)胞質(zhì)(Cytoplasm),細(xì)胞核(Nucleus)和細(xì)胞膜(Plasma mem

3、brane)共1824個(gè)蛋白進(jìn)行理論預(yù)測,兩種預(yù)測方法均獲得了較高的預(yù)測成功率.然后是利用離散增量的方法對12類亞細(xì)胞的預(yù)測.分別以20種氨基酸出現(xiàn)的個(gè)數(shù)、400種氨基酸二聯(lián)體出現(xiàn)的個(gè)數(shù)及兩者出現(xiàn)個(gè)數(shù)之和為參數(shù)構(gòu)成離散源,對參數(shù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化變換后,分別利用Self_consistency和Jackknife方法對12類亞細(xì)胞即葉綠體(chloroplast),細(xì)胞質(zhì)(cytoplasm),細(xì)胞骨架(cytoskeleton),內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(en

4、doplasmic reticulum),細(xì)胞外(extracell),高爾基體(golgi apparatus),溶酶體(lysosome),線粒體(mitochondria),細(xì)胞核(nucleus),過氧化物酶體(peroxisome),質(zhì)膜(plasma membrane),液泡(vacuole)分別進(jìn)行了理論預(yù)測.結(jié)果表明,以400種氨基酸二聯(lián)體出現(xiàn)的個(gè)數(shù)為參數(shù)構(gòu)成離散源預(yù)測成功率最高.在此基礎(chǔ)上,把離散增量的二次組合作為預(yù)測