嗜酸氧化亞鐵硫桿菌細(xì)胞壁相關(guān)蛋白表達(dá)圖譜的構(gòu)建.pdf

1、嗜酸氧化亞鐵硫桿菌(Acidithiobacillus ferrooxidans)，是目前使用最廣泛，研究最深入的浸礦微生物。細(xì)菌吸附至礦物表面無論對(duì)于細(xì)菌在自然環(huán)境中的生存，還是對(duì)于生物浸出過程都具有十分重要的意義。本文通過構(gòu)建嗜酸氧化亞鐵硫桿菌細(xì)胞壁相關(guān)蛋白表達(dá)圖譜，從蛋白質(zhì)組學(xué)角度探討浸礦微生物表面結(jié)構(gòu)，為微生物與礦物表面的吸附機(jī)理研究提供一些依據(jù)。 本論文研究中，提取了嗜酸氧化亞鐵硫桿菌細(xì)胞壁相關(guān)蛋白，采用液相色譜-串聯(lián)

2、質(zhì)譜技術(shù)先對(duì)酶解后的蛋白進(jìn)行分離，分離后的肽段直接進(jìn)入質(zhì)譜儀離子源進(jìn)行一級(jí)和二級(jí)質(zhì)譜的分析。由于可以得到的關(guān)于A.ferrooxidans的肽質(zhì)量指紋圖譜(PMF)數(shù)據(jù)庫還不健全，我們利用生物信息學(xué)技術(shù)構(gòu)建了用于質(zhì)譜蛋白質(zhì)組學(xué)分析的A.ferrooxidans的PMF數(shù)據(jù)庫。將得到245個(gè)肽質(zhì)量指紋圖譜用Mascot軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)庫搜尋得到蛋白相關(guān)信息，然后對(duì)每一個(gè)蛋白的輸出信號(hào)及亞細(xì)胞定位進(jìn)行預(yù)測(cè)，目前共得到97個(gè)目標(biāo)蛋白。這些已鑒定的

3、蛋白中42.3％有Sec-type信號(hào)肽，7.2％具有雙精氨酸轉(zhuǎn)運(yùn)信號(hào)肽(Tat)，18.6％的蛋白具有脂蛋白信號(hào)肽(Lipo)，21.6％的蛋白為非經(jīng)典分泌蛋白(non-classically secreted proteins)，根據(jù)亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)還有19.6％的蛋白也被認(rèn)為是目標(biāo)蛋白。按其功能分類，43.3％的細(xì)胞壁相關(guān)蛋白質(zhì)為細(xì)胞包被，16.5％的蛋白為假設(shè)蛋白，6.2％的蛋白為保守的假設(shè)蛋白，還有6.2％蛋白為功能未知蛋白，其

4、他功能的蛋白含量都很少；這些蛋白質(zhì)的分子量主要分布在4000～118000Da，pH值主要分布在4～12之間，其中31.96％的蛋白質(zhì)的pH值小于7，68.04％的蛋白質(zhì)pH值大于7，10.31％的蛋白pH大于10。通過這種方法構(gòu)建的A.ferrooxidans細(xì)胞壁相關(guān)蛋白表達(dá)圖譜，為以后各種環(huán)境中A.ferrooxidans細(xì)胞壁相關(guān)蛋白的研究提供了有價(jià)值的基礎(chǔ)性研究。 本研究還采用差異蛋白質(zhì)組學(xué)的方法，對(duì)不同培養(yǎng)條件下(單