一種基于統(tǒng)計的生物網(wǎng)絡模體發(fā)現(xiàn)算法.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、隨著2003年人類基因組計劃的完成,生物信息學的研究已經(jīng)進入后基因組學時代,基因組信息學研究重心開始從揭示生命的所有遺傳信息轉移到從分子整體水平上對基因功能的研究,從整體水平上反應著基因功能的生物網(wǎng)絡成為研究的重點。基因組學和蛋白質組學中的高通量方法為我們提供了大量的生物網(wǎng)絡數(shù)據(jù),最典型的是基因調控網(wǎng)絡和蛋白質相互作用網(wǎng)絡。目前生物信息學研究面臨的一個主要挑戰(zhàn)就是從這些生物網(wǎng)絡的拓撲結構中解讀出生物功能,網(wǎng)絡模體是一種在給定網(wǎng)絡中頻繁出

2、現(xiàn)的連通子圖,一些網(wǎng)絡模體已經(jīng)被證明是基因調控網(wǎng)和蛋白質相互作用網(wǎng)絡中的基本生物功能模塊。
  本文在分析已有生物網(wǎng)絡模體發(fā)現(xiàn)算法的基礎上,提出了一種基于統(tǒng)計模型的生物網(wǎng)絡模體發(fā)現(xiàn)算法,并在統(tǒng)計模型的基礎上建立了一個反應網(wǎng)絡模體統(tǒng)計意義的得分函數(shù),在該算法中我們首先利用一個高效的非樹形子圖挖掘算法ESN挖掘網(wǎng)絡中所有規(guī)定大小的非樹形子圖,然后根據(jù)非樹形子圖和得分函數(shù)求得網(wǎng)絡模體。對大腸桿菌、酵母基因調控網(wǎng)和人類的信號傳導網(wǎng)絡等真實

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