黃河流域泥鰍遺傳多樣性初步研究.pdf

1、本研究采用線粒體細(xì)胞色素c氧化酶亞基I(COI)、16S rRNA基因和12S rRNA基因分析方法，對我國黃河流域山西臨汾(LF)、河南新鄉(xiāng)(XX)和山東濟(jì)南(JN)三個(gè)泥鰍群體的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行了初步的探討，主要研究結(jié)果如下：
　　1.基于線粒體COI基因?qū)θ齻€(gè)泥鰍群體的遺傳多樣性和種群結(jié)構(gòu)進(jìn)行了研究。PCR產(chǎn)物純化后與T載體連接，之后克隆、測序，經(jīng)過比對后得到668 bp的COI同源片段，29個(gè)樣品的線粒體COI基因

2、片段共檢測到71個(gè)變異位點(diǎn)，15個(gè)單倍型，T、C、A、G堿基平均含量分別為32.5％、26.5％、22.8％和18.2％?？?cè)后w單倍型多樣性指數(shù)(H)0.892，核苷酸多樣性指數(shù)(Pi)0.01464，平均核苷酸差異數(shù)(K)9.749；總?cè)后w平均遺傳距離0.016，群體內(nèi)的遺傳距離為0.003-0.038，群體間的遺傳距離為0.004-0.024，臨汾群體的種間種內(nèi)距離為0.23-0.38，達(dá)到了種的分化水平。群體之間分化系數(shù)(Fst)

3、在0.12303-0.14197之間，基因流Nm均大于1小于4，達(dá)到了中度分化水平；分子方差(AMOVA)(Fst=0.13146，p<0.01)表明遺傳變異主要來自群體內(nèi)部，群體間有了明顯的遺傳分化；UPMGA聚類分子系統(tǒng)樹和單倍型網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖沒有表現(xiàn)出地理區(qū)域性。另外還檢測到Hap-11和Hap-13與其他單倍型之間(Fst=0.96110，p<0.01)可能達(dá)到了種的分化。Fu’Fst檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)值介于-2.48514-3.82651，

4、除了新鄉(xiāng)群體顯著(p<0.05)，其他群體均不顯著(p>0.1)；Tajima's D檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)值為-1.53425-0.14201，統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)P均值為不顯著(p>0.05)符合中性突變。
　　2.基于16S rRNA基因的多樣性分析：30個(gè)樣本的16S rRNA基因片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增和測定后，得到長度為509bp的同源序列。共檢測到16個(gè)變異位點(diǎn)，16個(gè)單倍型，T、C、A、G堿基平均含量為23.4％、22.9％、31.4％和22.3

5、％；總?cè)后w單倍型多樣性指數(shù)(H)0.906，核苷酸多樣性指數(shù)(Pi)0.00402，平均核苷酸差異數(shù)(K)2.032，顯示出較高的遺傳多樣性。遺傳距離在0.005以內(nèi)，沒有達(dá)到種的分化；Fst在0.17942-0.38839之間，基因流Nm都小于4(0.78737-2.28676)，AMOVA分析(Fst=0.28062，p<0.01)都說明3個(gè)泥鰍群體間有了較明顯的遺傳分化。UPMGA聚類分子系統(tǒng)樹和單倍型網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖顯示沒有表現(xiàn)出地理

6、區(qū)域性。Fu’Fst檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)值介于-1.18527-3.87259，經(jīng)檢驗(yàn)濟(jì)南群體為顯著值(p<0.05)，其它均為極顯著(p<0.01)，Tajima's D檢測值為-1.47797-0.69931，P值顯示不顯著，表明泥鰍種群可能經(jīng)歷過種群擴(kuò)張事件。
　　3.34個(gè)樣品的線粒體12S rRNA基因片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增和序列測定后，得到長度為399 bp的同源序列。共檢測到17個(gè)變異位點(diǎn)，13個(gè)單倍型，T、C、A、G堿基含平均量為

7、22.6％、27.1％、30.4％和19.8％；總?cè)后w單倍型多樣性指數(shù)(H)0.718，核苷酸多樣性指數(shù)(Pi)0.0032，平均核苷酸差異數(shù)(K)1.273，顯示出一定的遺傳多樣性。遺傳距離顯示未達(dá)到種的分化。群體之間分化系數(shù)在0.02093-0.16993之間，屬于中輕度水平的分化，基因流Nm偏大，說明群體間交流相對充分。AMOVA分析(Fst=0.08027，p>0.05)顯示分化不顯著。Fu’Fst與Tajima's D檢驗(yàn)值均